１週間前神経抜いたのですがまだ痛く、熱が３７度あります。
２本抜いて両方痛い。
こういう場合はあるんですか先生を信じて通っていていいんでしょうか？

神経を抜いて（抜髄といいます）痛みが出るという事は考えられます。
１週間というのは長いと思いますが個人差の範囲でもあります。
抜髄と発熱の因果関係については、なんともいえません。
あり得ることだとは思います。
　
先生に痛みのこと、発熱のことをおっしゃり、説明を求めてみてください。
その説明が貴方を納得させるに充分であれば、信じて良いでしょうし、
貴方が納得できなければ転院された方が良いと思います。
転院というのは、その先生が悪いというのではありません。
歯科治療には（歯科に限らず）歯科医と患者の信頼関係が重要です。
納得できないということは、この信頼関係が築けないという事なので
転院して、新しい先生と信頼関係を築く方が良いという理由です。